【ITBEAR】在物理學的浩瀚星空中，一項關于硬球體系統行為的探索曾引發廣泛爭議。1957年，加州大學利弗莫爾實驗室的物理學家Berni Alder，對這一問題展開了深入思考。主流觀點認為，固體存在的基礎是分子間的吸引力，但Alder卻通過一種全新的研究路徑——分子動力學方法，提出了不同見解。
Alder與其同事Thomas Wainwright，在IBM 704計算機上模擬了硬球體系統的碰撞及狀態變化，發現系統壓縮時，硬球體會從液體轉變為固體。他們證實，硬球分子間并無吸引力，凍結導致系統熵最大化，而非能量最小化。
這一創舉被視為首次成功使用計算機模擬多粒子系統動力學，為后續物理學、生物學和化學等領域的研究開辟了新路徑。分子動力學方法，這一粒子運動的“顯微鏡”，通過計算預測系統行為，成為連接理論與實驗的橋梁。
分子動力學兼具預測與解釋的雙重性質，既能為實驗提供可能性分析，也能解釋實驗現象、探討過程機理。經過幾十年發展，分子動力學模擬技術已逐漸成熟，從簡單模型升級到復雜模型，成為科研利器。
然而，分子動力學在產業落地方面卻面臨計算效率的瓶頸。為了與自然過程的動力學相匹配，模擬時間跨度需足夠長，但計算機算力有限，必須在模擬體系大小、時間步長和總持續時間上做出限制。這成為分子動力學技術邁向產業落地的攔路虎。
就在此時，金融量化領域的大牛David E. Shaw轉身投入生物計算事業，于2007年發明出分子動力學模擬加速專用超級計算機——Anton（安騰）。它以3-4個數量級的加速比，更快地計算模擬更大體系規模、更長模擬時長的生物大分子運動。
超算安騰采用深度定制的ASIC芯片和緊密排列的服務器，提高節點間通訊效率，專為加速分子動力學模擬計算而生。它的問世，破解了多年來分子動力學模擬的計算效率難題，推動了分子動力學的產業化應用，尤其在藥物研發行業顯示了巨大市場潛力。
在超算安騰的幫助下，Relay Therapeutics公司成功確定了一款用于治療膽管癌的抑制劑藥物RLY-4008的結構。他們利用安騰重塑新藥研發技術手段，把對蛋白質靶點的認識從靜態圖轉變為動態影像，提出“基于運動的藥物設計”新范式。
這款新藥的發現僅花費了18個月、不到1億美金，極大地縮短了藥物研發過程中的投入時間與成本。超算安騰的出現，不僅驗證了Alder和Wainwright五十年前的預測，也為分子動力學的發展指明了重要路徑。
