經過了將近半個月的追劇之旅，《少年派2》以主角陪看大結局的方式正式收官，不少網友滿懷期待熬夜追完了一整部劇，原本以為會得到一致好評，可沒想到觀眾對于《少年派2》的結局評價卻呈現兩極分化的形式。
首先得到觀眾好評的劇情是終于看到了“一秒CP”正式求婚的場景，不少觀眾在之前的預告片中就看到兩人穿著婚紗的畫面，原本以為會正式步入婚姻的殿堂，可沒想到那不過是幾位好友一起在玩劇本殺而已。
在最后一集中，四小只重新回到了高中校園，共同回憶起在這里的青春歲月，而錢三一也提前準備了戒指，在兩位好友的見證下，向林妙妙正式求婚，從高中到大學再到步入社會，我們一起磕了多年的“一秒CP”終于得到了幸福美滿的結局。
隨后兩個人一起來到林家，向林家二老說明求婚，雖然林大為得知女兒答應了錢三一的求婚有些不滿，也警告錢三一一定要善待自己的女兒，但王勝男對于小情侶選擇在一起還是呈現出祝福的態度。
這樣的結局對于從《少年派1》一直期待到《少年派2》的觀眾來說十分美滿，但是大家對于錢三一的前途問題還是不太滿意，甚至覺得錢三一的選擇有些不合常理，在最后的結局中，我們可以得知錢三一答應師兄的邀請，去深圳發展，繼續量子物理學的研究。
一方面觀眾感到不滿的原因在于“一秒cp”才剛在一起，編劇就強行在結尾將兩個人拆成了異地戀的狀態，雖然這是幫錢三一逐夢，但卻并沒有考慮到他的病情，或者說在后續劇情中，根本沒有對錢三一的病情程度作出說明，仿佛他壓根沒有生病。
另一方面讓觀眾難以接受的是作為理科天才、江州雙料狀元的錢三一在故事剛開始時，是因為生病而辦理了休學，回到江州養病，但這并不意味著錢三一徹底放棄了自己的學業與前程，既然在故事的結尾，錢三一可以選擇去深圳逐夢，為什么不能選擇重新回到蘇黎世完成自己的學業。
通過前面的劇情，我們可以知道錢三一并不是去蘇黎世攻讀碩士學位，而是在本科期間交換到蘇黎世留學，而且通過與雨嘉的對話中，我們可以得知他沒有參加畢業典禮，這就意味著此時的他就連本科畢業證都沒有得到。
這樣的劇情如果發生在現實生活中，是完全沒有可能性的，一個連本科畢業證都沒有得到的人，根本沒有資格去研究所入職，即使他在大學之前擁有著天才的頭腦以及學霸的人設，也沒有達到硬性條件。
不少觀眾對于錢三一是妙妙腦，是三好男友的人設感到十分滿意，畢竟像這樣隨叫隨到、安全感十足、十項全能的男友是所有女生心中的理想型選擇，但大家更希望錢三一可以繼續維持在第一季中的學霸人設。
也就是說，大家希望錢三一可以在自己的學業與事業中發光發熱，成為那個可以在科學領域中獨當一面的人才，然后將林妙妙的名字寫進自己未來的規劃當中，而并不是他的世界只能有林妙妙，他的生活只能以林妙妙為中心旋轉，成為一個名副其實的“家庭煮夫”。
其實在《少年派2》中，對于錢三一的爭議，從剛開播時便已經產生。大家從錢三一出場的片段中，可以看出似乎只有林妙妙的生活或者事業需要他的時候，才會有錢三一的戲份，我們并沒有看到作為一個天才，他在事業方面展現自己學霸光環的一面，他仿佛只是林妙妙的一個附屬品而已。
不過也有從事本專業的觀眾對錢三一的選擇作出說明，從他研究的課題以及實驗室地點在深圳的線索中，可以得知錢三一選擇的實驗室是國內非常有名的量子物理學課題研究實驗室，雖然他在大學中辦理了休學，可如果在研究所能夠研究出成果，那么依然可以得到學士學位證。
不過對于這種說法，不少觀眾并不買賬，因為大家認為即使現實情況和這位網友做出的解釋一致，但錢三一完全可以選擇回清華或者是蘇黎世繼續研究自己的課題，畢竟作為考入清華的天才少年，想必不會對一個實驗室動心，他完全可以得到更好的發展。
還有最關鍵的一點是在故事的結尾中，四小只聚集在一起打視頻電話，鄧小琪提出想看錢三一的辦公室，錢三一展示完自己的工作環境后，眾人開啟了調侃模式，錢三一隨后開玩笑表示自己才剛入職，希望朋友們能夠給自己留點面子，“入職”是已經參加工作的意思，如果在實驗室繼續自己的學術研究，沒必要用“入職”這兩個字來形容。
所以觀眾對于錢三一的前途問題依舊處于懷疑模式中，畢竟像天才隕落這樣的情節是觀眾不喜歡看到的，我們可以接受錢三一因為生病而暫時停下自己人生的腳步，但為了一段感情而放棄自己的才華，選擇成為一名普通的打工人將會成為大家心中的意難平。
而在第二部的結尾中，林妙妙的人設再次和第一部的結尾出現重合點，我們都知道林妙妙是一個敢于仗義執言，堅持正義的女漢子，這是很好的品質，但林妙妙為了替錢三一報仇，故意曝光行業內幕而導致沒有中小型公司敢聘用自己時，她選擇成為一名維權博主。
這本來是一個很好的選擇，可此時的林妙妙仿佛處于降智模式中，在不做任何調查的狀況下，便輕信陌生人的說法，替對方在網絡上討回公道，就連錢三一的勸阻，她也絲毫不顧，最后落得了被起訴的結局。
這也被觀眾評價，終于在《少年派2》的結尾中林妙妙的人設繼續崩塌，而這種劇情發展也讓觀眾感到難以理解，畢竟此時的林妙妙并不是過去的愣頭青，她是一個已經步入職場一年的老油條，對于職場規則應該十分清楚，這樣的發展也讓不少觀眾對于《少年派2》的結局感到不滿。
