電影版的《魔法石》實際上遺漏了很多東西，包括一些小說中用來作鋪墊的時刻。很多小說迷都知道J·K·羅琳在創作《哈利·波特》系列時，非常仔細地計劃了一切，從《哈利·波特與魔法石》的開頭幾頁就為未來很多內容奠定了基礎，貫穿第一本小說中的很多內容就包含了多層含義和一些用來鋪墊的情節。
但是，當這本書被改編成電影時，有相當一部分被剪掉了。在大多數情況下，可能裁掉的部分都并不是什么重要的東西，主要用于填充場景和額外的說明。然而，也有一些精心計劃的鋪墊也被削減了。
鄧布利多對檸檬糖的喜愛
在開頭的場景中，當鄧布利多和麥格教授等海格帶著哈利去女貞路時，鄧布利多給了麥格一塊檸檬糖。當然，這預示著他辦公室的秘密之一，這是一種麻瓜糖果，是檸檬雪寶糖，它在后來變得更加重要。
這是一個非常小的遺漏，鄧布利多之前對這種糖果表示了喜歡，但這并不太重要，也很容易看出為什么會被裁減，這并不是唯一在開場從小說中被刪減的部分，所以它對整部電影真的沒有影響。
鄧布利多的手表
在鄧布利多表達對麻瓜糖果喜愛的同一個場景中，小說有一段描寫他在看手表，它“有十二根指針，但沒有數字，邊緣有小行星在移動”。后來人們發現，這大概是一塊在鄧布利多成年后有人送給他的手表——就像莫莉送給哈利一塊一樣，并解釋說送金表是魔法界的一個傳統。
這里和他愛檸檬雪寶糖一樣，不過是一個微小的、很容易被忽略的細節，對電影沒有重大影響，特別是第一部電影是在2001年，而解釋這一傳統的場景，在2007年發行《死亡圣器》小說才公布，只能說6年前這個細節可能只是一個很隨意的細節而已，當時并不能看出這是一個什么伏筆。
瑪吉討厭哈利和費格夫人
小說中提到哈利的姨媽瑪吉“討厭”哈利，費格夫人經常照顧他。因為哈利本來并不打算去動物園，而德思禮夫婦想找另外一個人來照顧他。當然，這兩個角色后來都變得很重要，瑪吉太粗魯了，哈利把她充氣炸飛了，然后跑掉了，費格夫人被揭露是鳳凰社的成員!
但是，在電影中整個這種交流被省略了，沒有體現哈利不打算去動物園，所以在這里沒有提到瑪吉和費格夫人。盡管如此，這仍然屬于是一個微不足道的遺漏，也沒有影響這兩個角色在之后的重要表現，只是在這里失去了一點深度，但卻不足以真正影響故事。
莉莉和詹姆的魔杖介紹
哈利在奧利凡德得到魔杖的場景也發生了一些變化，一個主要的例子是小說中的奧利凡德告訴哈利他父母的魔杖。他說，莉莉的魔杖“是一根很好的魔杖”，詹姆的“魔杖很擅長變形術”。后來，斯拉格霍恩詳細地講述了莉莉的魔杖，以及她創造了會施魔法的金魚。后來，詹姆被則掌握了令人吃驚的變形術，十幾歲時就成為了阿尼馬格斯。
顯然，羅琳從一開始就設置了這種特殊技能，讓多個角色重復這個技能鞏固了莉莉的角色，并進一步揭示了詹姆是阿尼馬格斯。然而，很容易看出為什么這個會被電影削減，因為它和哈利選擇魔杖的經歷并不是完全相關。
半人馬
哈利在小說和電影故事中都遇到了半人馬，但情況不太一樣。在小說中，出現了更多的半人馬。電影中的哈利受到費倫澤的保護，而小說中的哈利遇到了貝恩和羅南，他們與費倫澤爭論是否幫助他，費倫澤說:“貝恩，是的，如果必要的話，我會和人類一起對抗潛伏在這片森林里的東西。”這預示著費倫澤最終會因為幫助人類而被逐出他們的群體，并來到霍格沃茨任教。
然而，在電影中，這些都沒有發生，因為費倫澤不在霍格沃茨教書，所以沒有必要用這樣的臺詞來設定他的放逐。這個故事本可以增加烏姆里奇和半人馬的故事情節的深度，但在最后，為了保持電影的合理長度，它可能被刪減了很多。
納威修復手腕
在小說和電影中，納威在飛行課堂上從掃帚摔了下來，摔斷了手腕，這讓霍琦夫人和他一起離開了操場，然后發生哈利飛著去追記憶球，并被選為魁地奇球隊的隊員等情節。在電影中，納威受傷的消息也就在那個場景就沒有了，但在小說中，哈利后來遇到了他，并知道了護士“大約一分鐘”就能治好它。這在后來發揮了作用，當哈利受傷時，吉德羅·洛哈特教授幫助他療傷，最后卻讓哈利的骨頭不見了。
這不算是一個大的削減，但這更直接的展示了哈利和他班上的其他人都知道，龐弗雷夫人修復骨頭是多么得心應手，這種對比增加了人們對洛哈特的不信任和厭惡，因為他把咒語弄得非常糟糕。
斑斑很老
在小說中和電影中，羅恩都把哈利介紹給斑斑，并表示他對自己的寵物很不感興趣。然而，在小說中，他談到如何獲得舊物，并明確地說斑斑是他哥哥送給他的一只“老”老鼠。
當然，這是后來的一個重大情節點，因為后面揭示了斑斑是小矮星彼得的阿尼馬格斯形態。在電影中，沒有任何跡象表明或暗示斑斑不是一只普通的老鼠，這實際上減少了真相大白時的沖擊力。
巧克力蛙卡片上的勒梅
在書中，哈利第一次聽到尼古拉·勒梅的名字是在他讀第一張巧克力青蛙卡片的背面。鄧布利多的卡片上寫著他以使用龍血而聞名的筆記，以及“他和他的搭檔尼古拉·勒梅在煉金術方面的工作”。哈利后來知道他在什么地方聽說過這個名字，但卻無法確定是在哪里，直到他又吃了一只巧克力青蛙并記起來。在電影中，是赫敏在一本書中找到了同樣的信息。
這是一個很大的變化，它真正把重點放在了表現赫敏和她解決問題的能力上。從很多方面來說，這是一個可以理解的變化——它讓赫敏成為了英雄，并確保沒有粉絲會好奇為什么哈利一開始就不記得這一點。
小天狼星的摩托車
在開頭的場景中，海格騎著一輛巨大的摩托車飛下來，載著哈利。在書中，海格解釋說他從小天狼星布萊克那里借來了這輛車，離開時，他說他應該把車還給他。當然，這里預示了布萊克的角色，以及《阿茲卡班的囚徒》中的大揭露——小天狼星實際上是波特一家的朋友!
那么在這里可能是特意省略掉的，以增強揭示的震撼。而且這里海格如何得到這輛車對電影開始那段并不重要。
海格想要一只龍
《哈利·波特》系列第一部的一個重要情節點是，海格安排了三頭狗來守衛魔法石，在從陌生人那里得到龍蛋的時候，他不小心透露了如何通過三頭狗。他一直想要一條龍，哈利最終發現他得到的那條龍只是一個圈套。
在小說和電影中，哈利告訴赫敏和羅恩，海格一直想要一條龍，他們第一次見面時他也這么說。在小說中，海格提到古靈閣里有龍，他從小就想要一條龍。然而，在電影中，海格并沒有告訴過哈利這一點。這可能是一個疏忽，因為在一個被刪除的場景中，海格說過他想要一條龍，這應該是正片的一部分，但被刪除了。
