尼克弗瑞為了躲避九頭蛇的追殺,利用河豚毒素并讓自己的心跳停止,甚至騙過了美隊華姐眾人,這不愧是神盾局局長,弗瑞告訴了眾人皮爾斯的真實身份,為了阻止洞察計劃的進行,局長拿出三塊精密的芯片,他告訴大家,只有將三艘母艦的芯片替換,才能重新奪回母艦的控制權。于是他們立即制定計劃。而另一邊,吧唧回到九頭蛇的秘密基地,經過和美隊交手過后,讓他找回了部分模糊的記憶。當年和美隊在火車上執行任務的過程中摔落山谷的吧唧并沒有因此死去,身受重傷的他被九頭蛇發現,就像這時的他已經失去了左臂,在九頭蛇的改造下獲得新的機械,并且成功地將他洗腦,成為了職業殺手。
完成任務后被佐拉博士將其冰封了起來,而時間回到現在,前任神盾局長皮爾斯來到神秘基地,吧唧問起有關美隊的事情,為了防止吧唧再記起點什么,皮爾斯再次下令對吧機進行洗腦。另一邊,有了計劃后的每隊幾人來到了神盾局外圍,解決幾個守衛后,他們潛入了廣播室將九頭蛇的秘密公之于眾,經過一番激情的演講過后,有不少人選擇相信門對的話。眼看事情已經暴露,朗姆洛來到控制大廳下令發動不見,可操作員卻表示,這臣妾做不到啊,情急之下,他拔槍對準操作員,一瞬間雙方陷入了槍戰之中。這時朗姆洛趁機發動了母艦外面糊上的夾板緩慢打開,底下的三首母艦發動引擎緩緩升空,美隊和獵鷹也趕忙沖到飛船上,獵鷹剛飛上高空就被數發炮彈連環攻擊,稍有不慎就會被轟下來,幸好有驚無險,成功的替換了第一枚新品。
美隊這邊成功地解決母艦的小兵后,也順利的替換第二名新片兒寡姐這邊偽裝成神盾局的重要官員,成功的挾持住了皮爾斯。這時尼克福瑞的出現讓皮爾斯腦瓜子嗡嗡,被迫下皮爾斯只能乖乖配合交出神盾局的訪問權。此時美隊正準備替換第三枚新品,吧唧突然從旁邊沖了出來,撞到每頓兒獵鷹,在打斗過程中被吧唧扯斷了翅膀,失去翅膀的獵鷹被一腳踹飛了出去,幸好最后安全降落到地面,可他無法再次返回戰場,只能前往支援地面的寡姐。母艦上僅剩美隊和吧唧兩人,隨即兩人再次開啟單挑。打斗中美隊嘗試替換新品,可謂吧唧攔了下來,兩人在母艦上打得有來有來,美隊甩出經典飛度,被吧唧一圈打飛,隨后掏出小刀刺進了美隊肩膀,美隊拔出小刀后對著吧唧就是一頓,接著鎖喉舉起吧唧轉身就是一個翻砂,最后美隊緊緊的勒住吧唧,直到無力反抗。
之后,美隊又重新奪回了新品,此時三艘母艦也開始鎖定目標,其中托尼斯塔克大廈已被鎖定,其中僅僅一分多鐘就有幾十萬人被同時鎖定。正當即將要開火的時候,每隊及時將第三枚芯片插了回去,屏幕上的目標也隨即消失。控制權成功地回到了希爾的手,她立即將母艦的目標換成彼此。隨后所有的炮口相互發射,此時美隊和吧唧仍在母艦,吧唧被倒塌的鋼架死死壓住,無法在美隊的幫助下成功的救出了吧唧,最后美隊選擇扔下盾牌。吧唧對著美隊就是一頓,報仇的過程中,每隊并沒有打算還手,而是對吧唧說出那句曾經也對每對說過。隨后母艦發生爆炸,美隊墜入湖中,美隊的話也似乎喚醒吧唧,最后吧唧將美隊救上岸邊后默默離開。一段時間過后,重傷的美隊在病房內型。同時,隱藏于神盾局內部的人也被全部救出,可他們還是忽略掉了重要的東西,再一個秘密基地九頭蛇的某個分布逐漸壯大,他們不僅獲得了洛基的心靈權杖,同時還關押著緋紅女巫和快銀兩兄妹。最后消失的吧唧來到二戰的博物館,也看到了關于自己的過去。這三人未來是敵人還是朋友?