腸道作為最重要的消化器官，同時也是最大的免疫器官。健康的腸道內寄居著種類繁多的微生物，這些腸道微生物也就是我們所說的腸道菌群。腸道菌群大致可以分為三大類：有益菌、有害菌和中性菌。
益生菌的分類
有益菌，也就是我們常說到的益生菌。主要為乳桿菌、雙歧桿菌、酵母菌，是身體不可或缺的要素。它們參與食物的消化、促進腸道蠕動、合成身體所需的營養元素、抑制致病菌群的生長，促進營養吸收保持腸道健康。益生菌最重要的特點就是無毒副作用。
有害菌，也叫致病菌，與有益菌相反，數量一旦失控大量增長，會引發多種的疾病。
中性菌，具有雙重作用的細菌，如部分大腸桿菌、腸球菌。在正常情況下對身體有益，一旦菌群失調，或者從腸道轉移到其他部位，進而感染致病。因此也叫條件致病菌。
益生菌的功效
這三種腸道常駐菌與宿主的微空間結構形成了一個相互依賴又相互作用的微生態系統，這種動態平衡稱為腸道微生物屏障，對外來菌株有定植抵抗作用。在通常情況下，腸道內微生物群構成一個對抗病原體的重要的保護屏障。當這個微生態菌群的穩定性遭到破壞后，腸道定植抵抗力大為降低，可導致腸道中潛在性病原體 (包括條件致病菌)的定植和入侵。
影響腸道菌群的主要因素有4個方面：自身的因素（腸道的酸堿性，膽汁及消化酶的分泌，腸道的蠕動，腸道黏液的分泌，腸道表皮的脫離等）；飲食結構（可消化的食物與不可消化的纖維、藥物等）；細菌自身因素（細菌的黏附能力，繁殖能力，營養需求量，抗消化酶能力等）；細菌之間的相互作用（營養競爭，相互抑制作用，協同作用等）。
腸道菌群處于健康的平衡狀態，致病菌或者條件致病菌以很少的數目存在，它們產生的有毒代謝物不足以對宿主的健康產生危害。但當上述所說的4個方面的因素急劇變化，腸道內有益菌數量大量減少，有害菌數量瘋狂增長，腸道菌群平衡被打破，就會出現腹瀉、便秘、消化不良等癥狀。腸道菌群平衡被打破，結果就是健康的受損。
如何選擇合適有效的寵物益生菌？
為了保證腸道日常正常運作，除了飲食結構合理，還有補充足夠的益生元，增殖腸道有益菌，使腸道保持健康。當然，益生菌的補充也是有技巧的，并不是單純的選一個產品吃下去就了事了，有可能你吃下去的只是它們的“尸體”。這里附上挑選一款合適益生菌的四個要點（敲黑板）！
1. 首先要保證吃進去的是活的益生菌，種類齊全，活性充足，數量足夠。
2. 只有在經過胃酸的強酸侵蝕后依然保持活性，才能到達腸道產生益生效果。（一般采用包埋技術，到達腸道再釋放。或者采用不受胃酸影響的益生菌比如布拉迪酵母）
3. 攝入機體不吸收的糖類，有益菌以此為食物，延長生命力，持續益生作用。
4.讓益生菌在經過消化道強酸考驗并延長生命力的同時，還能穩定地待在腸道中也是關鍵所在。
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