供應鏈金融擁有產業和金融兩大屬性，使得供應鏈金融具有來自產業和金融領域的雙重風險。
另外，由于供應鏈金融參與主體眾多，涉及的產業鏈條比較長、各垂直細分產業鏈條具備不同的屬性和特點、業務操作流程復雜，而且各個環節之間環環相扣、彼此依賴，任何一個環節出現問題，都可能涉及其它環節，從而影響整條供應鏈的正常運行。
因此，這些因素決定了供應鏈金融的風險具有傳染性、聚集性和周期性等特征。
1、市場風險
市場風險是指因利率、匯率、股市和商品價格等市場要素波動而引起的，使金融產品的價值或收益具有不穩定性的風險。市場風險主要包括利率風險、匯率風險、股市風險以及價格風險。
在中國，利率市場化機制并未完全形成，銀行供應鏈融資產品在定價上仍然與傳統流動資金貸款方式一樣使用固定利率的方式，一旦利率發生變化和調整，銀行不能及時對貸款利率進行調整，只能等到基準利率變化的下一年度之初進行調整，在這期間則要承擔利率變化帶來的風險。
在供應鏈金融業務中，有很多業務涉及國際貿易，在國際貿易融資實務中，無論是單一的進出口業務還是涉及背對背信用證交易，除非是本地貨幣、主證或背開信用證均使用同種貨幣，否則都將面臨匯率變動的風險。股市風險在供應鏈金融業務中體現得并不明顯。
在供應鏈金融業務中價格風險體現最明顯的是作為質押物的存貨價格波動給商業銀行帶來的風險，這種風險在存貨融資模式下體現得尤為明顯。在市場經濟中，商品價格波動是正常現象，即使是石油等大宗商品，在某一特定時間內發生波動的可能也是比較大的，所以供應鏈金融業務存在著較大的價格風險。
2、核心企業信用風險與道德風險
在供應鏈金融中，核心企業掌握了供應鏈的核心價值，擔當了整合供應鏈物流、信息流和資金流的關鍵角色。商業銀行正是基于核心企業的綜合實力、信用增級及其對供應鏈的整體管理程度來對上下游中小企業開展授信業務的。
因此，核心企業的經營狀況和發展前景決定了上下游企業的生存狀況和交易質量。一旦核心企業信用出現問題，必然會隨著供應鏈條擴散到上下游企業，影響供應鏈金融的整體安全。
3、上下游融資企業信用風險
雖然供應鏈金融通過引用多重信用支持技術降低了銀企之間的信息不對稱和信貸風險，通過設計機理弱化了上下游中小企業自身的信用風險，但作為直接承貸主體的中小企業，其公司治理結構不健全、制度不完善、技術力量薄弱、資產規模小、人員更替頻繁、生產經營不穩定、抗風險能力差、財務報表缺乏可信度、守信約束力不強等現實問題仍然難以解決。
與此同時，在供應鏈背景下，中小企業的信用風險已發生根本改變，其不僅受自身風險因素的影響，而且還受供應鏈整體運營績效、上下游企業合作狀況、業務交易情況等各種因素的綜合影響，任何一種因素都有可能導致企業出現信用風險。
4、貿易背景真實性風險
自償性是供應鏈金融最顯著的特點，而自償性的根本依據就是貿易背后真實的交易。在供應鏈融資中，商業銀行是以實體經濟中供應鏈上交易方的真實交易關系為基礎，利用交易過程中產生的應收賬款、預付賬款、存貨作為抵押、質押，為供應鏈上下游企業提供融資服務。
在融資過程中，真實交易背后的存貨、應收賬款、核心企業補足擔保等是授信融資實現自償的根本保證，一旦交易背景的真實性不存在，出現偽造貿易合同或對應應收賬款的存在性與合法性出現問題，或質押物權屬與質量有瑕疵以及買賣雙方虛構交易惡意套取銀行資金等情況。銀行在沒有真實貿易背景的情況下盲目給予借款人授信，就將面臨巨大的風險。
5、業務操作風險
操作風險是當前業界普遍認同的供應鏈金融業務中最需要防范的風險之一。供應鏈金融通過自償性的交易結構設計以及對物流、信息流和資金流的有效控制，通過專業化的操作環節流程安排以及獨立的第三方監管引入等方式，構筑了獨立于企業信用風險的第一還款來源。
但這無疑對操作環節的嚴密性和規范性提出了很高的要求，并造成了信用風險向操作風險的位移，因為操作制度的完善性、操作環節的嚴密性和操作要求的執行力度將直接關系到第一還款來源的效力，進而決定信用風險能夠被有效屏蔽。
6、物流監管風險
在供應鏈金融模式下，為發揮監管方在物流方面的規模優勢和專業優勢，降低質押貸款成本，銀行將質押物監管外包給物流企業，由其代為實施對貨權的監督。但此項業務外包后，銀行可能會減少對質押物所有權信息、質量信息、交易信息的動態了解，并由此引入了物流監管方的風險。
由于信息不對稱，物流監管方會出于自身利益追逐而做出損害銀行利益的行為，或由于自身經營不當、不盡責等導致銀行質物損失。
如個別企業串通物流倉儲公司有關人員出具無實物的倉單或入庫憑證向銀行騙貸，或者偽造出入庫登記單，在未經銀行同意的情況下擅自提取處置質物，或者無法嚴格按照操作規則要求盡職履行監管職責導致貨物質量不符或貨值缺失。
來源：《供應鏈金融》宋華著、供應鏈金融
