開發公司拖欠施工單位工程進度款，是實務中較為常見的現象。由于市場的激烈競爭，不少施工企業、分包商、建材商墊資承攬工程，從而讓合同約定的收款時間形同虛設。自營改增全面實施后，增值稅專用發票的抵扣有了更為嚴格的要求，使得拖欠的工程款在結算時面臨著不小的納稅風險。
一、政策規定
《增值稅實施辦法》第二十六條規定：“納稅人取得的增值稅扣稅憑證，不符合法、行政法規或者國家稅務總局有關規定的，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。”
《增值稅專用發票使用規定》明確規定：“增值稅專用發票必須在納稅義務發生時開具”，也就是說，延遲開具的增值稅專用發票，不論施工單位是否按時納稅，在開具時間上都是不符合要求的。
發票開具時間延遲，對于稅務檢查人員來說，只要認真檢查就能查出來，按照稅務稽查“查案必查票”口訣，大額工程款發票被查的風險非常大。
二、實務案例
某項工程，開發公司根據施工合同應于2016年9月9日向總包方支付一筆工程進度款5 000萬元。總包方當天也應該向分包方支付進度款1 000萬元，其他材料供應商可能也盯著這筆工程款。
但開發公司因為預售進度不理想，對此進度款進行了拖欠。總包方沒有收到貨款，也就不會向開發公司開發票，一般也會拖欠分包方及材料供應商的款，分包方與材料供應商被拖欠也不會向總包方開發票。
這次5 000萬元進度款的拖欠，看起來是拖欠了總包方和分包方的工程款，但在增值稅價外稅的特點下，實際上也同時拖欠了政府的增值稅款。
根據《增值稅實施辦法》規定，增值稅納稅義務發生時間為收訖銷售款項時間，或者合同約定的收款時間。只要根據合同約定，該日應該收取工程款，則該日為納稅義務發生日，總包方應該計增值稅銷項稅額。
更重要的是，該日也是增值稅專用發票開具之日。
如果施工方因為拖欠而不開增值稅專用發票，待實際收到工程款時才開增值稅專用發票，一方面會導致施工方延遲繳納增值稅；另一方面也導致這張增值稅專用發票延遲開具，而延遲開具的增值稅專用發票，稅務機關完全有理由不允許抵扣。這對開發公司來說，就虧大了。
合理的解決辦法是：施工方的工程款可以拖，但增值稅正常繳納。
雖然可能拖欠工程款，但可以先把稅款支付掉。開發公司可以要求施工方嚴格按稅法規定納稅、開票，把增值稅專用發票拿到。同時，開發公司也可以先支付稅款、收取專票，以保證建筑方、總包方、分包方、材料供應商的增值稅納稅義務履行、增值稅專用發票開具。
就本例來說，5 000萬元工程款對應495.5萬元的進項稅額，付款日一到，開發公司最好確認支付這495.5萬元，并收取增值稅專用發票。否則，未來如果與稅務稽查產生爭議，導致稽查人員嚴格執法的話，這495.5萬元的進項稅額就可能不能抵扣了。
三、會計處理
借：應交稅費——應交增值稅（進項稅額） 4 955 000
貸：銀行存款 4 955 000
這是最簡單的會計處理，如果全面核算預付款的話，可以再做一筆分錄：
借：預付賬款 45 045 000
貸：應付賬款 45 045 000
總包方收到稅金，可以開具增值稅專用發票，會計處理為：
借：銀行存款 4 955 000
貸：應交稅費——應交增值稅（銷項稅額） 4 955 000
借：應收賬款 45 045 000
貸：工程結算 45 045 000
