R語言是比較常用的統計分析和繪圖語言，擁有強大的統計庫、繪圖庫和生信分析的Bioconductor庫，是學習生物信息分析的必備語言之一。

Rstudio是編輯、運行R語言的最為理想的工具之一，支持純R腳本、Rmarkdown (腳本文檔混排)、Bookdown (腳本文檔混排成書)、Shiny (交互式網絡應用)等。

Rstudio版本

Rsdutio分為桌面版和服務器版，桌面版可以在單機使用，服務器版可以從瀏覽器訪問供多人使用。

服務器版安裝好之后，訪問地址為<服務器IP:8787>，用戶名和密碼為linux用戶的用戶名和密碼。

Rstudio安裝

R安裝

Linux下安裝

Rstudio安裝前需要安裝R，如果使用的是新版的操作系統。直接可以用sudo apt-get installl r-base 或者yum install r-base來安裝。

若系統版本老，或沒有根用戶權限，則需要下載編譯源碼安裝，最新地址為
https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.4.0.tar.gz。

具體編譯方式為 (Linux下軟件安裝見
http://blog.genesino.com/2016/06/bash1):

# --enable-R-shlib 需要設置，使得其他程序包括Rstudio可以使用R的動態庫
# --prefix指定軟件安裝目錄，需使用絕對路徑
./configure --prefix=/home/ehbio/R/3.4.0 --enable-R-shlib

# 也可以使用這個命令，共享系統的blas庫，提高運輸速度
#./configure --prefix=/home/ehbio/R/3.4.0 --enable-R-shlib --with-blas --with-lapack
make
make install

windows下安裝

下載
https://cran.r-project.org/bin/windows/雙擊就可以了。

Rstudio安裝

Linux下安裝服務器版

安裝參考 https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/
wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-1.0.136-x86_64.rpm
sudo yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-1.0.136-x86_64.rpm
安裝完之后的檢測、啟動和配置
sudo rstudio-server verify-installation #查看是否安裝正確
sudo rstudio-server start ## 啟動
sudo rstudio-server status ## 查看狀態
sudo rstudio-server stop ## 停止
ifconfig | grep '.NET addr' ## 查看服務端ip地址
sudo rstudio-server start ## 修改配置文件后重啟
sudo rstudio-server active-sessions ## 列出活躍的sessions:
sudo rstudio-server suspend-session <pid> ## 暫停session
sudo rstudio-server suspend-all ##暫停所有session
Rstudio日志目錄，方便查看錯誤信息：/var/log/rstudio-server/
配置文件：
- Timeout
- [user] session-timeout-minutes=30 [@powerusers] session-timeout-minutes=0
- /etc/rstudio/rserver.conf
- www-port=8787 (default)
  www-address=0.0.0.0 (default)
  rsession-ld-library-path=/opt/local/lib:/opt/local/someApp/librsession-which-r=/usr/local/bin/R
- /etc/rstudio/rsession.conf