Shell是什么？
shell本身是一個命令解釋器，介于操作系統的內核（kernel）和用戶之間，可以執行系統調用及系統命令等，讓用戶以此來與操作系統實現互動。同時，它也用來指一種計算機程序語言（類似于C、Python等）。一個shell程序一般被稱為一個腳本。
Shell語言的流派
目前，shell主要有兩大流派：
sh:
burne shell (sh) burne again shell (bash)
csh:
c shell (csh) tc shell (tcsh) korn shell (ksh)
目前，大部分linux系統預設的shell都是bash。
Shell 編程概述
在 Linux 下有一門腳本語言叫做：Shell 腳本，這個腳本語言可以幫助我們簡化很多工作，例如批量運行一些命令等，所以還是很有必要學習它的基本用法的，一個簡單的 hello.sh 腳本像下面這樣。
#!/bin/bash echo "Hello World!"
第一行 #!/bin/bash 標識該 Shell 腳本由哪個 Shell 解釋：/bin/bash。將上面的兩行內容寫到文件hello.sh中，就可以執行了：
執行shell腳本方法1：
#這樣可以省略第一行的：#!/bin/bash sh ./hello.sh
執行shell腳本方法2：賦予權限才可以執行：
# 賦予可執行權限 chmod a+x hello.sh # 執行 文件的第一行必須指定執行shell的路徑：#!/bin/bash ./hello.sh # 結果 Hello World!
Shell 變量
Shell 變量分為 3 種：
- 用戶自定義變量
- 預定義變量
- 環境變量
定義變量需要注意下面 2 點：
- 等號前后不要有空格：NUM=10
- 一般變量名用大寫：M=1
使用 $ 符號調用變量，例如：
VAR="Hello Shell!" echo $VAR
注意：變量定義直接給變量取名字，變量值如果字符串中有空格等特殊字符需要用引號引起來，這樣VAR變量中存儲了一個字符串，再次調用變量的值需要加符號：$VAR
1. 用戶自定義變量
支持字符串類型，浮點等類型，常見有這 3 個前綴：
- unset：刪除變量
- readonly：標記只讀變量
- export：指定全局變量
注：可將上面內容存入一個sh結尾的文件中運行；
2. 預定義變量
預定義變量常用來獲取命令行的輸入，有下面這些：
一個例子：
執行./hello.sh 1 2 3 4 5 的結果：
3. 環境變量
環境變量默認就存在的變量，常用的有下面這幾個：
- HOME：用戶主目錄
- PATH：系統環境變量 PATH
- TERM：當前終端
- UID：當前用戶 ID
- PWD：當前工作目錄，絕對路徑
還是看例子：
運行結果：
shell 語句
1. if 語句
這個跟高級語言的 if - else - if 類似，只是格式有些不同而已，也來看個例子吧：
2. for 循環
這是一個 for 循環基本使用例子，挺簡單的，有點類似 Python：
運行結果：
3. while 循環
注意與 for 循環的區別：
運行結果：
shell命令應用：
其實我們打開的linux的終端也是一個shell，上面很多命令不用存到文件中也可以直接在終端運行；下面舉例shell編程的運用；
1.利用循環批量生成命令，分別存儲到不同的文件：
#注意：命令寫成一行的時候用 ; 分隔不同語句塊。 for i in xaa xab xac xad xae xaf xag xah xai xaj xak xal xam xan;do echo "perl /share/work/huangls/piplines/01.script/kegg_update_get_anno.pl $i $i.anno $i.fa" >$i.sh;done
2.利用循環批量修改文件名：
這里我想把下面文件名字中紅色字符批量刪除：（這里需要提前學習字符截取）
命令示例如下：
